Im Sinne des Infektionsschutzes werden dem Gesundheitsamt meldepflichtige übertragbare Krankheiten und meldepflichtige labormedizinische Nachweise von Krankheitserregern gemeldet. Ziel ist es dabei, übertragbaren Krankheiten beim Menschen vorzubeugen, Infektionen frühzeitig zu erkennen und ihre Weiterverbreitung zu verhindern.

Das Infektionsschutzgesetz (IfSG) verpflichtet zum Beispiel Ärzte in Arztpraxen und Krankenhäusern sowie Ärzte in Untersuchungsämtern und Laboren zu Meldungen an die Gesundheitsämter. Man unterscheidet dabei namentliche Meldungen von Krankheiten, Erregernachweisen und Impfschäden sowie nichtnamentliche Meldungen von bestimmten Erregernachweisen:

• Namentliche Meldungen: Vor allem Ärzte und Labore für medizinische Diagnostik, aber auch bestimmte Einrichtungen und Unternehmen, sind verpflichtet, den lokal zuständigen Gesundheitsämtern die im Gesetz aufgeführten Krankheiten und Erregernachweise beziehungsweise entsprechende Verdachtsfälle zu melden. Auch über das übliche Ausmaß einer Impfreaktion hinausgehende gesundheitliche Schädigungen nach einer Impfung sind durch den Arzt dem Gesundheitsamt anzuzeigen. Die dazu benötigten Meldebögen werden von den jeweiligen Landesbehörden zur Verfügung gestellt. Die Meldung durch den Arzt oder das Labor erfolgt namentlich, also mit Nennung der betroffenen Person und Adresse, damit das Gesundheitsamt den Sachverhalt überprüfen und Infektionsschutzmaßnahmen ergreifen kann. Eine Übermittlung der Daten über die Landesstelle an das Robert Koch-Institut (Krankheiten und Erreger) beziehungsweise das Paul-Ehrlich-Institut (Impfschäden) erfolgt nichtnamentlich.
• Nicht namentliche Meldungen: Die in § 7 Abs. 3 IfSG genannten Erregernachweise zum Beispiel HIV werden vom Labor nichtnamentlich (ohne Nennung der persönlichen Daten des Betroffenen) direkt an das Robert-Koch-Institut gemeldet. Das RKI stellt dafür spezielle Labormeldebögen zur Verfügung.

Das Gesundheitsamt bietet kostenlose Beratung sowie in bestimmten Fällen kostenlose Untersuchungen (zum Beispiel HIV-Test) an.